Salut !
D'après ce que j'ai compris, leur râtelier est au-dessus de leur bac ? C'est déjà une bonne chose, ça les incite à faire leurs besoins en mangeant.
Personnellement, je trouve que les bac à litière triangulaire ne servent à rien. Ils sont trop étroits pour que le lapin se sente à l'aise, et aucun bord n'empêche l'urine de couler à côté.
Les lapins sont des animaux propres, donc soit c'est un problème hormonal (je suppose qu'aucune des deux n'est stérilisée ?), soit elles ne se sentent pas assez à l'aise dans leur bac.
Je te conseille d'acheter des grands bacs à chats, avec le rebord le plus haut possible, car même avec des bords de plus de 10cm ma grosse louloute arrive à uriner en dehors de son bac
L'idéal, c'est un rebord en plastique qui s'enfonce un peu vers l'intérieur, de ce style :

Ah oui, dernière question, tu mets quoi dans les bacs ? Et sur le sol de la cage ?